“พีเอ็มยู” (PMU มาจากคำว่า Program Management Unit) เป็นกลไกสำคัญในการบริหารงบประมาณวิจัยด้าน ววน. โดยหน่วยงานบริหารจัดการโปรแกรม “7 พีเอ็มยู : หน่วยหนุนทุนวิจัย” ประกอบด้วย

1) สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.)
2) สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (NIA)
3) สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร องค์การมหาชน (สวก.)
4) สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส)
นอกจากนี้ยังมี 3 หน่วยบริหารและจัดการทุนในระบบ ววน. ที่ดำเนินการภายใต้ สภานโยบายการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติ (สอวช.) ประกอบด้วย
5) PMU “A” มาจาก Area – based หรือ หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนาระดับพื้นที่ (บพท.)
6) PMU “B” มาจาก Brain Power, manpower หรือ หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนากำลังคน และทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษา การวิจัย และสร้างนวัตกรรม (บพค.)
7) PMU “C” มาจาก Competitiveness หรือ หน่วยบริหารจัดการทุนด้านการเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของประเทศ (บพข.)

โดยทั้ง 7 PMU จะทำหน้าที่เป็นหน่วยงานจัดการทุนวิจัย และการติดตามและประเมินผลงานวิจัย ซึ่งได้จัดแบ่งสัดส่วนความรับผิดชอบในแต่ละโปรแกรม ดังนี้